Jones se casó con Selznick, el 13 de julio de 1949, una unión que duró hasta su muerte el 22 de junio de 1965. Después de su muerte, ella estuvo semi-retirada de la actuación. Según informes de prensa, Jones intentó suicidarse en noviembre de 1967 después de enterarse de la muerte de un amigo cercano de Charles Bickford . Ella fue encontrada inconsciente en la base de un acantilado con vistas a la playa de Malibu. Fue hospitalizada en estado de coma antes eventual recuperación Su hija, Mary Jennifer Selznick (1954-1976), se suicidó saltando de la ventana del 20º piso en Los Angeles el 11 de mayo de 1976. Esto llevó al interés de Jones en temas de salud mental. En 1980, fundó la Jennifer Jones Simon Fundación para la Salud Mental y Educación. La Fundación se comprometió con $ 400,000 para ser utilizado exclusivamente para la famosa Jennifer Programa Taller mundo María Selznick, nombrado en honor de la hija a finales de Jones.
El 29 de mayo de 1971, Jones se casó con el industrial multimillonario, coleccionista de arte y filántropo Norton Simon , cuyo hijo Robert se había suicidado en 1969. El matrimonio tuvo lugar a bordo de un remolcador de 5 millas de la costa Inglés, y fue llevada a cabo por Unitaria ministro Eirion Phillips . Años antes, Simon había intentado comprar el retrato de su usado en la película Retrato de Jennie. Simon Jones se reunió más tarde en una fiesta organizada por su compatriota empresario y coleccionista de arte Walter Annenberg .Norton Simon murió en junio de 1993. Cuatro años antes de su muerte, Simon renunció como presidente de Norton Simon Museum dePasadena y Jennifer Jones-Simon fue nombrado Presidente de la Junta Directiva, Presidente y Oficial Ejecutivo. En 1996, comenzó a trabajar con el arquitecto Frank Gehry y paisajista Nancy Goslee energía en la renovación del museo y los jardines. Ella se mantuvo activo como director del Museo Norton Simon hasta 2003, cuando se le dio el estatus de emérito.
Jones era un cáncer de mama sobreviviente. La actriz Susan Strasberg , que iba a morir de la enfermedad en 1999 y luego se casó con el actor Christopher Jones , nombró a su propia hija Jennifer Robin Jones en honor de la actriz más.
Jones disfrutó de una jubilación tranquila, que vive con su hijo Robert Walker, Jr. y su familia en Malibú, durante los últimos seis años de su vida. Ella concedió ninguna entrevista y rara vez aparecía en público. Jones participó en la de Gregory Peck Vida de AFI Premio a la ceremonia en 1989 y se presentó en el 70 º (1998) y 75 ª (2003) premios de la Academia como parte de los tributos de las series, a los ganadores del Oscar el pasado. Murió de causas naturales el jueves 17 de diciembre de 2009, 90 años de edad. Ella fue incinerada en el cementerio Forest Lawn Memorial Park de Glendale .